La trama gira en torno a la visita a la tía Lucy en Perú, una búsqueda en la jungla ligada a la leyenda de El Dorado, que resulta ser una orangera para hacer mermelada, la unión familiar y la elección de Paddington de su hogar en Londres. Estos elementos ofrecen temas clásicos de pertenencia y raíces sin encuadre activista ni críticas sistémicas.

El motor emocional central se mantiene arraigado en los valores familiares tradicionales y la idea de que el hogar es donde está el corazón, preservando el enfoque de la serie anterior al activismo en la conexión personal sobre la política de identidad. No se observan cambios de raza, género o sexualidad en ninguno de los personajes establecidos de películas o libros anteriores. Las nuevas incorporaciones, como el capitán del barco fluvial Hunter Cabot y su hija Gina, encajan orgánicamente en el escenario de la aventura peruana, al igual que la monja cantante, y sirven a la función de la historia en lugar de a un mensaje. Se trata de personajes nuevos sin alteraciones del material original ni arcos centrados en la identidad, manteniendo la diversidad incidental a la premisa de la aventura en lugar de central en ella.