Os 13 episódios se concentram nos quatro irmãos Tartaruga — Leonardo, Raphael, Donatello e Michelangelo — retornando de uma viagem no tempo, lutando contra o vírus Cyber Shredder no ciberespaço, remontando os fragmentos de dados espalhados do Mestre Splinter e resolvendo conflitos de gangues com o Clã do Pé e os Dragões Roxos. A temporada termina com o tradicional casamento heterossexual de April O'Neil e Casey Jones, com a presença de aliados em um clássico clímax celebratório.

O elenco de voz permanece inalterado em relação às temporadas anteriores, sem alterações nas identidades, gêneros ou histórias de fundo dos personagens estabelecidos para qualquer propósito ideológico. Os enredos enfatizam combate de artes marciais, lealdade familiar e a derrota de um vilão digital, sem diálogos ou arcos que abordem questões sistêmicas, política de identidade ou críticas às normas tradicionais.