A série centra-se em Clone Force 99, um esquadrão de clones de elite mutantes navegando pelo Império pós-Ordem 66, com a adição de Omega, uma jovem clone que se junta como personagem central e bússola moral. Embora o gênero de Omega seja não tradicional para clones de Jango Fett, é justificado narrativamente como um clone experimental único não afetado por chips inibidores, enfatizando temas de família encontrada e identidade de clones em vez de política de gênero.

Os designs dos clones inicialmente enfrentaram críticas por "whitewashing" (tons de pele mais claros divergindo de Temuera Morrison como Jango), levando a Lucasfilm a ajustar os tons para maior diversidade em episódios posteriores, mostrando pressão progressista externa mas não mandatos abertos de DEI alterando a história principal. Representações positivas de deficiências e neurodivergência via as mutações dos clones (ex.: sentidos de Hunter, intelecto de Tech) adicionam inclusividade sutil sem lições ou arcos de identidade focais.

Sem representação proeminente de LGBTQ+, críticas sistêmicas além do anti-imperialismo padrão, ou intenção ativista declarada pelos criadores; as entrevistas focam na expansão do lore. A recepção do público é amplamente positiva, com fãs elogiando a ação, a continuidade de Clone Wars e a falta de proselitismo em comparação com outras séries de Star Wars, tornando-a uma entrada refrescante focada em entretenimento.