O relacionamento lésbico de Cosima Niehaus com Delphine Cormier impulsiona drama significativo na Temporada 2, incluindo questões de confiança, a infiltração de Delphine na Dyad e decisões de tratamento da doença de Cosima ligadas ao romance deles. A temporada introduz Tony Sawicki, um clone masculino transgênero (nascido Antoinette), no episódio 8 'Variable and Full of Perturbation', onde sua história de um episódio envolve Felix e a consciência dos clones, explicitamente enquadrada pelos criadores como avanço da visibilidade trans. Tatiana Maslany declarou orgulho no tratamento da diversidade de sexualidade do show, chamando-o de 'very political'.

O elenco de apoio inclui Jordan Gavaris como Felix abertamente gay. Esses elementos se estendem a temas de autonomia feminista contra a exploração corporativa de clones femininas, mas permanecem secundários ao resgate da filha de Sarah e conflitos com Rachel. A recepção na época elogiou a rep como inovadora em vez de controversa, sem sinais de grande backlash. A integração eleva a identidade como uma camada narrativa além de traços orgânicos de personagens.