A equipe se divide entre buscas espaciais por Fitz e lutas na Terra contra mercenários alienígenas liderados por Sarge, Shrikes parasitas, a entidade Izel que troca de corpo e caçadores Chronicom ameaçando a Terra. Pontos da trama como o reencontro emocional de FitzSimmons em uma prisão mental, o relacionamento público de Yo-Yo e Keller, e os esforços da equipe para impedir a destruição planetária seguem tropos clássicos de aventura sem política de identidade ou críticas sistêmicas como motores. A temporada mantém um elenco orgânico com personagens estabelecidos de longa data ao lado de novas adições, como o cientista recorrente Marcus Benson, mantendo esses elementos incidentais em vez de em primeiro plano.

Elementos LGBTQ mínimos permanecem limitados a um personagem recorrente sem romance central, exploração ou foco temático, enquanto os relacionamentos principais como FitzSimmons permanecem heterossexuais. Temas e episódios giram em torno de invasões alienígenas, consequências de viagens no tempo e espaço, e laços de equipe pessoais, em vez de mensagens de justiça social, mandatos de DEI ou críticas às normas tradicionais.