A mais proeminente é Wade "Unique" Adams (Alex Newell), um homem biológico que se identifica como uma garota transgênero e se transfere para a escola; o clube glee inicialmente a impede de se vestir de forma feminina em público, depois cede fora das câmeras, e Unique faz audição para Rizzo em Grease enquanto enfrenta repetidos erros de gênero por parte de Ryder Lynn, culminando em um arco de catfishing onde Unique se passa online por uma garota para conquistar Ryder e confessa a decepção no final das Regionais. Esses episódios enquadram explicitamente a aceitação da identidade de gênero como um ponto central de conflito e resolução.

Fios paralelos incluem o romance gay contínuo Kurt-Blaine, o relacionamento lésbico Santana-Brittany com drama de término à distância, e um casal lésbico convidado (Jan e Liz) inspirando a proposta de casamento de Blaine no final. Novos personagens como Marley Rose (lutas com imagem corporal) e Ryder (dislexia) adicionam arcos de identidade pessoal à estrutura da competição musical.

O objetivo declarado de Ryan Murphy de basear as histórias em realidades de "azarões" e apresentar experiências específicas de jovens gays/trans informa diretamente essas escolhas. Embora o motor principal da temporada permaneça as performances do clube glee, os romances e os crossovers da NYADA, os elementos de identidade transgênero e queer ocupam vários episódios dedicados e impulsionam o atrito entre os personagens, elevando-os de incidentais a estruturalmente influentes.