Ele segue Nagito Komaeda em um mundo de sonhos criado como um mecanismo psicológico de enfrentamento após sua morte traumática em Danganronpa 2, onde ele vive como um estudante comum e azarado, contente com uma felicidade modesta enquanto sua má sorte beneficia os outros. A trama se concentra na chegada do 'Destruidor do Mundo' (revelado como um Alter Ego modificado) que desmantela essa ilusão, forçando Nagito a confrontar seu desejo interior por um mundo sem talentos de igualdade moderada antes que ele acorde. Estes são temas clássicos da franquia de esperança, desespero, talento e instabilidade mental, executados através de mistério psicológico e ação sem qualquer enquadramento em torno de política de identidade, opressão sistêmica ou críticas às normas tradicionais.