O subenredo romântico central envolve Meryl Silverburgh, uma soldado e sobrinha (posteriormente revelada como filha) do Coronel Campbell, que serve como interesse amoroso heterossexual de Snake; os jogadores podem alcançar um final canônico onde eles escapam juntos após resistir à tortura. Personagens secundários incluem operadoras como Mei Ling e Naomi Hunter, além de antagonistas como Sniper Wolf, todos integrados organicamente à trama de conspiração militar sem destacar narrativas de identidade ou opressão sistêmica. Os temas centrais do jogo sobre genética, crítica anti-guerra, traição e o complexo militar-industrial se desdobram através de uma narrativa direta de ação-espionagem que evita enquadramento ativista ou política de identidade.

Solid Snake permanece o líder imutável durante todo o jogo, e a dinâmica heterossexual com Meryl impulsiona momentos emocionais chave sem qualquer troca de gênero ou elementos de diversidade forçada. Essa abordagem tradicional mantém o foco na tensão narrativa e na jogabilidade em vez de mensagens sociais contemporâneas, resultando em conteúdo progressista mínimo no geral.