Estrelado pelos irmãos Elric, Edward e Alphonse, em uma missão envolvendo quimeras, o Catalisador do Filósofo e temas de troca equivalente, ao lado de personagens coadjuvantes como Armony Eiselstein e Professor Wilhelm Eiselstein. A narrativa segue as convenções clássicas de FMA de aventura, combate de alquimia e laços fraternos, sem qualquer enquadramento moderno de justiça social, política de identidade ou críticas às normas tradicionais.

O jogo utiliza o elenco e o mundo estabelecidos do material original, sem sistemas de criação de personagens, opções de romance, seleção de pronomes ou mudanças de elenco que alterem identidades estabelecidas. Essa abordagem mantém o foco temático estritamente nas regras da alquimia, nas consequências morais da transmutação humana e no relacionamento central dos irmãos, em vez de qualquer mensagem ideológica. As escolhas do desenvolvedor evitaram consultas com ativistas, ângulos de marketing progressistas ou subtramas adicionadas centradas na identidade, resultando em conteúdo que se alinha inteiramente com a estrutura original de aventura do mangá e anime. A recepção do público na época se concentrou na jogabilidade e na fidelidade da história, em vez de debates culturais, confirmando a ausência de elementos contemporâneos forçados.