La serie se centra en Clone Force 99, un escuadrón de élite de clones mutados que navega el Imperio posterior a la Orden 66, con la incorporación de Omega, una joven clon femenina que se une como personaje central y brújula moral. Aunque el género de Omega no es tradicional para los clones de Jango Fett, está justificado narrativamente como un clon experimental único no afectado por los chips inhibidores, enfatizando temas de familia encontrada e identidad de clones en lugar de política de género.

Los diseños de clones enfrentaron inicialmente críticas por «whitewashing» (tonos de piel más claros que divergen del Jango de Temuera Morrison), lo que impulsó a Lucasfilm a ajustar los tonos para mayor diversidad en episodios posteriores, mostrando presión progresista externa pero no mandatos DEI explícitos que alteren la historia central. Las representaciones positivas de discapacidades y neurodivergencia a través de las mutaciones de los clones (p. ej., los sentidos de Hunter, el intelecto de Tech) añaden inclusividad sutil sin lecciones ni arcos de identidad focales.

No hay representación LGBTQ+ destacada, críticas sistémicas más allá del antiimperialismo estándar, ni intención activista declarada por los creadores; las entrevistas se centran en la expansión del lore. La recepción del público es en gran medida positiva, con fans elogiando la acción, la continuidad de Clone Wars y la falta de sermoneo en comparación con otras series de Star Wars, convirtiéndola en una entrada refrescante priorizando el entretenimiento.