La relación lésbica de Cosima Niehaus con Delphine Cormier impulsa un drama significativo de la Temporada 2, incluyendo problemas de confianza, la infiltración de Delphine en Dyad y las decisiones de tratamiento de la enfermedad de Cosima vinculadas a su romance. La temporada introduce a Tony Sawicki, un clon masculino transgénero (nacido Antoinette), en el episodio 8 'Variable and Full of Perturbation', donde su historia de un episodio involucra a Felix y la conciencia de los clones, explícitamente enmarcada por los creadores como avance de la visibilidad trans. Tatiana Maslany ha expresado orgullo en el tratamiento de la diversidad de sexualidad del show, llamándolo 'very political'.

El elenco de apoyo incluye a Jordan Gavaris como el abiertamente gay Felix. Estos elementos se extienden a temas de autonomía feminista contra la explotación corporativa de clones femeninas, pero permanecen secundarios al rescate de la hija de Sarah y los conflictos con Rachel. La recepción en ese momento elogió la rep como innovadora en lugar de controvertida, sin señales de rechazo importante. La integración eleva la identidad como una capa narrativa más allá de los rasgos orgánicos de los personajes.