La más destacada es Wade "Unique" Adams (Alex Newell), un hombre biológico que se identifica como una chica transgénero y se transfiere a la escuela; el club glee inicialmente le prohíbe vestirse de forma femenina en público, luego cede fuera de pantalla, y Unique audiciona para Rizzo en Grease mientras se enfrenta a la repetida asignación incorrecta de género por parte de Ryder Lynn, culminando en un arco de catfishing donde Unique se hace pasar en línea como una chica para perseguir a Ryder y confiesa el engaño en la final de Regionals. Estos episodios enmarcan explícitamente la aceptación de la identidad de género como un punto central de conflicto y resolución.

Hilos paralelos incluyen el continuo romance gay Kurt-Blaine, la relación lésbica Santana-Brittany con drama de ruptura a larga distancia, y una pareja lésbica invitada (Jan y Liz) que inspira la propuesta de matrimonio de Blaine en la final. Nuevos personajes como Marley Rose (luchas con la imagen corporal) y Ryder (dislexia) superponen arcos adicionales de identidad personal al marco de la competición musical.

El objetivo declarado de Ryan Murphy de basar las historias en realidades de "underdog" y presentar experiencias específicas de jóvenes gay/trans informa directamente estas elecciones. Si bien el motor principal de la temporada siguen siendo las actuaciones del club glee, los romances y los cruces de NYADA, los elementos de identidad transgénero y queer ocupan múltiples episodios dedicados e impulsan la fricción de los personajes, elevándolos de incidentales a estructuralmente influyentes.