Sigue a Nagito Komaeda en un mundo de ensueño creado como un mecanismo de afrontamiento psicológico después de su traumática muerte en Danganronpa 2, donde vive como un estudiante ordinario desafortunado contento con una felicidad modesta mientras su mala suerte beneficia a otros. La trama se centra en la llegada del 'Destructor del Mundo' (revelado como un Alter Ego modificado) que desmantela esta ilusión, obligando a Nagito a confrontar su deseo interno de un mundo sin talentos de igualdad moderada antes de que despierte. Estos son temas clásicos de la franquicia de esperanza, desesperación, talento e inestabilidad mental, ejecutados a través del misterio psicológico y la acción sin ningún marco en torno a la política de identidad, la opresión sistémica o las críticas a las normas tradicionales.