Está protagonizado por los hermanos Elric, Edward y Alphonse, en una misión que involucra quimeras, el Catalizador del Filósofo y temas de intercambio equivalente, junto con personajes secundarios como Armony Eiselstein y el Profesor Wilhelm Eiselstein. La narrativa sigue las convenciones clásicas de FMA de aventura, combate de alquimia y lazos fraternales sin ningún marco de justicia social moderno, política de identidad o críticas a las normas tradicionales.

El juego utiliza el elenco y el mundo establecidos del material original sin sistemas de creación de personajes, opciones de romance, selecciones de pronombres o cambios de elenco que alteren las identidades establecidas. Este enfoque mantiene el foco temático estrictamente en las reglas de la alquimia, las consecuencias morales de la transmutación humana y la relación central de los hermanos, en lugar de cualquier mensaje ideológico. Las decisiones de los desarrolladores evitaron consultas activistas, ángulos de marketing progresistas o subtramas añadidas centradas en la identidad, lo que resultó en contenido que se alinea completamente con la estructura impulsada por la aventura del manga y el anime originales. La recepción de la audiencia en ese momento se centró en la jugabilidad y la fidelidad de la historia en lugar de debates culturales, lo que confirma la ausencia de elementos contemporáneos forzados.